FAR2201: Mikrobiologi
#Terminologi
CFU
: Estimat på antall levedyktige bakterie/fungi celler i en prøve.
MIC
: Laveste konsentrasjon av en kjemikalie som hindrer synlig vekst av baketerie
Resistense
: Bakterie isolat blir ikke hemmet av oppnåelig konsentrasjon ved bruk av anbefalt dose
Følsomhet
: Bakterie isolat blir hemmet av oppnåelig konsentrasjon ved bruk av anbefalt dose
McFarland
: Estimat på antall CFU per volum
In vitro
: Studie av celler utenfor sin biologiske kontekst, f.eks i et prøve glass
In vivo
: Forsøk gjort i en hel organisme og ikke bare en ekstrakt
Bakteriostatisk
: Stoffer som hemmer formering men som ikke dreper
Baktericid
: Bakteriedrepende
Klinisk resitens
:
Inokulum
:
Naturmiddel
: Ingen legal definisjon. Brukes om kosttiskudd.
Naturlegemiddel
: Legemidler som har en naturlig utspring - dyr, planter, mikroorganismer, og som ikke kommer under definisjonen _Plantebasert Legemidler_.
Plantebasert Legemidler
: LM som har ett eller flere virkestoffer som består av plantemateriale.
# Immunologi
## Adaptive immunsystemet
### T celler deles inn i to:
1. CD8 - NK celler
2. CD4 - T Hjelpe celler
3. aktiverer B celler, makrofager, T killer celler.
Aktivering av naive T celler skjer gjennom
### B celler
####Utvikling
B celler starter ut som stamceller i benmargen. I benmargen gjennomgår de postiv og negativ seleksjon:
- postiiv seleksjon:
- Negativ seleksjon: sjekker om antibody binder til self antigen (autoimmunitet)
B cellene vil migrere fra benmargen videre til sekundære lymfoide organer: som milt og lymfoide noder.
#### Aktivering
Naive B celler er ferdig differensiert celler som ikke enda har funnet sit antigen. I SLO vil de ha tilgang til en strøm med antigen. Når riktig antigen blir bundet blir B cellen aktivert og kan delta i hummoral immunrespons.
##### T celle avhengig Aktivering
I de fleste tilfeller holder det ikke kun at B cellen binder sitt antigen for å aktiveres. Det må i tillegg bekreftes fra en T hjelper celle. Dette skjer ved at B cellene representerer antigene til T hjelper celle gjennom MHC2 klassen. Hvis Th cellen gjenkjenner dette antigenet vil den aktivere B cellen.
Aktivering fører til at B cellene differensieres til memory B celler og plasma celler (skiller ut antibody). Det vil også skje cell proliferation (øker mengde), endring av Ig klasse, og økt antigen afinitet.
#####Antistoff / Ig
Y formet protein som gjenkjenner fremmedlegemer.
Kan deles i to regioner:
- FAB: Består av en konstant og variabel del fra både heavy og light chain.
- Funksjon: Gjenkjenne antigen
- FC: Består av konstant del fra heavy chain
- Funksjon: Bestemmer Ig klasse og dermed fysiologisk respons etter antigen er bundet:
1. Opsionisering
2. Aglutination
3. Hemolysis
4. Mast cell degranulation
4. Nøytralisering
#####VDJ rekombinasjon
## Medfødte immunforsvar
###Interferoner
###Cytokiner
###Komplement systemet
####komplement receptor
####kaskade
####komplement faktor
###Inflamasjon
###PRR
Reseptorer som gjenkjenner molekyler som er typiske for patogener. De er en del av det medfødte immunforsvaret. Aktivering av disse reseptorene vil utløse cytokiner (innflamasjon) og initiere det adaptive imunsystemet.
####Toll like receptors
Membran bundet.
####Nod like receptors
Cytoplasma.
####Interferoner
###Membran attack complex
###MHC1 and MHC2
MHC1 utrykkes hos alle celler med kjerne. Det blir gjenkjent av NK celler (CD8 reseptor) og vil induserer apotopsis i den infiserte cellen.
MHC2 utrykkes av antigenrepresenterende celler (B-celler, Makrofager, Dendritter). Det blir gjenkjent av T-hjelper celler (Cd4 reseptor) som starter prosessen med å aktiverer det adaptive immunforsvar.
#Diagnostikk
## Klassifisering bakterier
- Fenotype: beskriver utsende og oppførsel til bakteriene
- Genotype: gen innholdet i bakterien
### Identifisering
1. __Morfologi__ : utsende, form, farge, størrelse, lukt
2. __Agarmediet__ : blodskål (hemolyse), fermentering i grønnskål
3. __Gram farging__
4. __Biokjemiske reaksjoner__: hvilket enzymer bakterien har, produkter som dannes
5. __DNA sekvens__
###Gram farging
- Fargeteknikk som brukes for å skille bakterier i to store grupper; G+ og G-. Forskjellen kommer fra egenskapen til celleveggen. G+ har stor peptidoglykan lag, men G- har tynn peptidoglykan lag og fargen vil dermed lett kunne vaskes bort.
### Resistens bestemmelse
#### 1. Agardifusjon
- __Metode__: Bakterie innokuleres i agarskål, antibiotika lapper settes på. Heminingsonen (diameter) måles etter 24h inkubering.
- __Resultat__: Sammenliknes med referanse liste for å avjgøre om det R, S eller I.
- __Fordeler__: Billig, rask
- __Ulempe__: Kan ikke beregne MIC direkte.
#### 2. Fortynningsmetoden
- __Metode__: Bakteriene avsettes i glassrør/agarskål med ulik konsentrasjon av antibiotika.
- __Resultat__: Den laveste konsentrasjon av antibiotika, som hemmer bakterievekst er MIC.
- __Fordeler__: Bestemmer MIC/MBC
- __Ulemper__: Dyrere (mer materiale og tid)
#### 3. E-test
- __Metode__: Strips med kontinuerlig gradient av antibiotikum legges på en inokulert agarksål.
- __Resultat__: Etter inkubering vil elipseformet hemningssone kunne observeres. MIC er der hemningssonen krysser test-stripen.
- __Fordeler__: Raskt, beregner MIC ganske nøyaktig.
- __Ulemper__: Dyr (materiale)
### Test av betalaktamase produksjon
#### 4. Kløverblad metoden
__Metode__:
1. En pencilin følsom stamme spres i hele agarskålen
2. Penicilin lapp midt i skåla
3. Teststammen strykes i kryss på skåla
__Avlesning__: Vis testen er positiv vil man få en karaktersitisk mønster derav navnet kløverbladmetoden.
#### 5. Nitrocefin metoden
__Metode__: Setter nitrocefin lapp på inkubert agarskål.
__Avlesning__: Nitrocefin gir fargeomslag fra gult til råd når betalaktam ringen spaltes av. Fargeomslaget skjer ikke spontant men alt fra 15 sek til 1 time.
#### 6. Induserbar beta-laktamase produksjon hos G- staver
__Metode__: MH skål med bakterien legges det antibiotika lapper
__Avlesning__: Ved induksjon av resistens minsker hemningssonen på den siden som vender mot lappen med det induserte antibiotikum (D formet).
#Antibiotika
## Beta laktamer
__Kjennetegn__: laktam ring
__Virkningsmekanisme__: Hemmer transpeptidase, stopper dermed krysbinding i peptidoglykan laget (cellevegg syntese). Fører til autolyze og celledød (baktericidal).
__Undergrupper__:
1. Peniciliner
2. Ceflasporiner
3. Karbapenem
4. Monobaktamer
__Antibakterielt spektrum__: Virker veldig godt i G+. Nyere generasjoner virker også på G-.
##Glykopeptider
__Kjennetegn__: Vancomycin
__Virkningsmekanisme__: Binder D-ALA-D-Ala i pentapetide. Hindrer PBP inkorporere nye
subenheter i PG. Baktericidal.
__Undergrupper__:
Viktigste er vancomycin.
__Antibakterielt spektrum__: Virker kun i G+. G- er resistente mot glykopeptider. De er for store til å diffundere over ytre delen i celleveggen via poriner.
##Hemmer proteinsyntese
__Undergrupper__:
__Antibakterielt spektrum__: Virker kun i G+. G- er resistente mot glykopeptider. De er for store til å diffundere over ytre delen i celleveggen via poriner.